โลกของ Ghost in the Shell จะเป็นเรื่องราวในยุค Post-Human หรือโลกอนาคตข้างหน้าที่มนุษย์เข้าสู่สภาวะที่แตกต่างจากยุคปัจจุบัน ที่เครื่องจักร และมนุษย์แทบจะแยกจากกันไม่ออก และความก้าวหน้าของเทคโนโลยีได้ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงของ สงครามไซเบอร์ ที่หลายคนนำมาใช้ประโยชน์ของตนเอง เรื่องราวบอกเล่าผ่านตัวเอก “ผู้พัน โมโตโกะ คุซานางิ” ไซบอร์กสาว และสมาชิกทีม Section9 หน่วยปฏิบัติการลับในตำนาน ที่มีฉายาว่า Ghost จากความสามารถในการปฏิบัติงานที่ไม่น่าเป็นไปได้ แล้วพร้อมที่จะหายตัวไปเหมือนกับผี ซึ่งที่ผ่านมา หน่วย Section9 ได้สร้างวีรกรรมไว้มากมาย ก่ออนที่จะยุบทีมแยกกันไปตามทาง ในซีรีส์เริ่มต้นเรื่องราวในปี 2045 หลังจากทีม Section9 แยกย้ายกันไปแล้ว เวลานั้นทั่วโลกตกอยู่ในสภาวะเศรษฐกิจตกต่ำครั้งใหญ่ เกิดการผิดชำระหนี้ทั่วโลก ภาวะเงนเฟ้อที่เกิดขึ้นรุนแรงที่สุดทำให้โลกเข้าสู่กลียุค รวมถึงการใช้งาน AI ที่ทำให้เกิดสงครามไซเบอร์ในโลกเสมือน อย่างไรก็ตาม คนทั่วไปไม่ได้รู้เลยว่า โลกเสมือน AI เหล่านั้นกำลังผลักดันมนุษยชาติอยู่