บนโลกที่มนุษยชาติถูกรุกรานและสูญเสียการควบคุมผืนทะเล โดยกลุ่มที่เรียกว่า กองเรือทะเลลึก มีเพียงกลุ่ม Kan-Musume ที่เป็นเหมือนร่างสถิตของเรือรบจากอดีต ที่สามารถเข้าต่อกรกับพวกนี้ เรื่องราวกล่าวถึงฐานทัพจินจูฟุ ที่เป็นที่ฝึกฝนและที่พักของกลุ่มเด็กสาว จนกระทั่งวันหนึ่ง ฟุบากิ เด็กสาวในคลาสเรือพิฆาตได้เดินทางมาถึงที่นี่