สำหรับภาค Railgun S จะเริ่มต้นที่เหตุการณ์ในช่วงวันที่ 10 สิงหาคม เริ่มบท Sisters Arc ก่อนจะไปเกิดปัญหาในภาค Index ในวันที่ 22 สิงหาคม (ตามอนิเมะ Index ภาคแรก) แต่ในบทนี้จะเป็นมุมมองของมิซากะ To Aru Kagaku No Railgun S และอุปสรรคบางอย่างที่ไม่ปรากฏในภาค Index