โรงเรียนมัธยมปลายคิโบกามิเนะ ที่มีแต่นักเรียนมัธยมปลายที่ชำนาญอย่างใดอย่างหนึ่ง แบบสุดๆ ที่จะได้เข้าเรียน แต่ทุกปีก็จะมีคนความสามารถกลางๆ ที่เข้าเรียนด้วยการจับฉลาก Danganronpa ตัวเอกของเรื่อง นาเอกิ มาโคโตะ เป็นผู้โชคดีที่ได้เข้าเรียนในสถานศึกษาแห่งนี้..วันหนึ่ง เขาถูกทำให้หมดสติและโดนจับไว้กับนักเรียนคนอื่น รวมตัวเองเป็น 15 คนที่ถูกขังในโรงเรียน โดยฝีมือของ Monokuma ตุ๊กตาหมีของเล่นซาดิสม์ เสียงกวนประสาท Mirai hen ซึ่งตั้งเงื่อนไขว่า Zetsubou hen การจะออกจากที่นี่ต้อง “สำเร็จการศึกษา” เท่านั้น โดยต้องก่อคดีที่ไม่สามารถจับได้ สำหรับคนที่ได้รับคะแนนโหวตสูงสุดและเป็นคนร้ายจริงจะถูกลงโทษ (ประหาร) ด้วยวิธีการที่แปลกประหลาด แต่ถ้าตัดสินผิด ทุกคนต้องถูกลงโทษ Kibou hen เหลือเพียงแค่ผู้ที่ก่อคดีเท่านั้นที่หนีออกจากที่นี ่ได้ Super Danganronpa ถึงแต่ละคนจะไม่ยอมทำตามโมโนคุมะ แต่เมื่อเวลาผ่านไปและหาทางหนีจากโรงเรียนแห่งนี้ไม่ ได้ อีกทั้งไม่รู้ว่าตัวเองจะถูกฆ่าตอนไหน การเริ่มฆ่าเพื่อเอาตัวรอดจึงเริ่มขึ้น…..
