เมื่อประธานสภานักเรียนที่ได้รับเลือกตั้งใหม่ Medaka Kurokami สร้างความคิดของเธอสำหรับกล่องข้อเสนอแนะที่ผู้คนสามารถส่งปัญหาที่ต้องแก้ไขเธอคาดหวังสิ่งต่าง ๆ เช่นการช่วยเหลือลูกสุนัขที่หายไปและให้คำแนะนำ Medaka Box อย่างไรก็ตามสิ่งที่เธอและเพื่อนที่ดีที่สุดของ Zenkichi พบก็คือคำใบ้แรกของความลับ คุโรคามิ เมดากะ ที่ไม่น่าเชื่อและโรงเรียนของพวกเขา Hakoniwa Academy และ Medaka เองก็เป็นศูนย์กลางของการเติบโตที่ใหญ่โต! เมื่อสิ่งที่ดูเหมือนว่าอดีตที่ผ่านมาไร้เดียงสากลายเป็นเกมอันตราย Medaka และสมาชิกของเธอต่อคณะกรรมการนักเรียนได้ค้นพบความลึกใหม่สำหรับตัวเองและความสามารถที่คาดไม่ถึง แล้วสิ่งต่าง ๆ ก็ควบคุมไม่ได้จริงๆ!
