ฮิรากิ โจเซฟ โค นักวิทยาศาสตร์หนุ่มอัจฉริยะ และ โรเบิร์ต นิโคลัส ผู้เชี่ยวชาญทางถอดรหัสและเอกสารโบราณ ทั้งสองเป็นคนของสำนักวาติกันทำงานให้องค์กรลับ “Seito no Za” รวมทีมกันเป็น “Miracle Examiners” ออกเดินทางสืบสวนพวกเรื่องราวที่พัวพันหรืออ้างถึงปฏิหารย์ในสถานที่ต่างๆ