ในซีซั่น 5 ของ X-Men: The Animated Series, ทีม X-Men ต้องเผชิญกับความเสี่ยงและภัยที่เพิ่มขึ้นเมื่อพวกเขาต้องเผชิญหน้ากับศัตรูที่อยู่ในระดับต่อไปของความอันตรายและการท้าทายในการเคลื่อนไหวต่อมาจากซีซั่นก่อนหน้า ซีซั่น 5 เป็นการสรุปของซีรีส์โดยเฉพาะในช่วงท้ายของมันโดยมีเรื่องราวที่น่าตื่นเต้นและสถานการณ์ที่ตึงเครียดต่างๆ ในระหว่างการต่อสู้ระหว่าง X-Men กับศัตรูร้ายที่มากขึ้น นอกจากนี้ยังมีการแสดงตัวละครใหม่และการแก้ไขเหตุการณ์ที่สำคัญในโลกของ X-Men ทั้งหมดในซีซั่นสุดท้ายนี้
