ในเมืองเดนซิตี้นักต่อสู้หลายพันคนมีส่วนร่วมในพื้นที่เสมือนจริงที่รู้จักกันในชื่อ Link Vrains ซึ่งผู้ใช้สามารถสร้างอวตารที่ไม่เหมือนใครและเข้าร่วมในเกมของ Duel Monsters ด้วยกันได้ ในฐานะที่เป็นองค์กรแฮ็กเกอร์ลึกลับที่รู้จักกันในนามอัศวินแห่งฮานอยคุกคามโลกนี้นักเรียนมัธยมปลายชื่อยูซากุฟูจิกิต่อสู้กับพวกเขาภายใต้หน้ากากของ Playmaker อยู่มาวันหนึ่งยูซากุได้พบกับโปรแกรมปัญญาประดิษฐ์แปลก ๆ ซึ่งเขาตั้งชื่อไอซึ่งเป็นผู้ทำลายล้างดิจิตอลใน Link Vrains ที่รู้จักกันในชื่อ Data Storm เมื่อพายุปรากฏตัวในครั้งนี้ทำให้เกิดการแข่งขันดวลความเร็วซึ่งนักประลองเอาชีวิตไปในสายลมเมื่อพวกเขาสู้รบยูซุกุต่อสู้กับฮานอยเพื่อเปิดเผยความจริงเกี่ยวกับเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นกับเขาเมื่อหลายปีก่อน